پس از پخش این برنامه، دولت با استناد به بند ۳۰ « اساسنامه سازمان صدا و سیمای جمهوری اسلامی» جوابیه تصویری برنامه پرونده ویژه را جهت پخش در 18 مهر ۱۳۹۸ به سازمان صداوسیما ارسال کرد.
از آن جا که در عمل سازمان صداوسیما از پخش پاسخ استنکاف کرده است، ضمن پیگیری موضوع از طریق شورای نظارت بر سازمان صداوسیما، اولین جوابیه تصویری دولت به صداوسیما در وب سایت " نمایندگی قوه مجریه در شورای نظارت بر صداوسیما " منتشر میشود.
لازم به یادآوری است، صداوسیما طبق قانون موظف به پخش این جوابیه است و هرگونه امتناع از پخش جوابیه دولت به اتهامات مطرح شده «غیرقانونی» است.