در ماه اوت سال ۱۹۳۹، اینشتین و زیلارد نامه‌ای به فرانکلین روزولت رئیس جمهور وقت آمریکا نوشتند و در آن هشدار دادند که نازی‌ها می‌توانند بمب هسته‌ای تولید کنند. در آن نامه به کار لئو زیلارد فیزیکدان مجارستانی اشاره شد و اقدامی سریع در راه‌اندازی برنامه هسته‌ای برای مقابله با این تهدید قریب الوقوع توصیه شد.

اینشتین برخلاف ترغیب ایالات متحده برای راه‌اندازی برنامه هسته‌ای این کشور، هرگز در پروژه منهتن مشارکت نکرد و حتی از مشورت با فیزیکدانانی که توسط جی رابرت اوپنهایمر(J. Robert Oppenheimer) مدیر آزمایشگاه «لوس آلاموس»(موضوع فیلم جدید کریستوفر نولان در مورد توسعه بمب هسته‌ای) انتخاب شده بود، منع شده بود.

دلیل آن این است که مقامات ایالات متحده معتقد بودند دیدگاه‌های سیاسی چپ او یک تهدید امنیتی است و در ژوئیه ۱۹۴۰ مجوز امنیتی لازم برای کار بر روی این پروژه را از او سلب کردند.

پروژه منهتن در ماه اوت سال ۱۹۴۲ شکل گرفت. در ۱۶ ژوئیه، اوپنهایمر و افرادش اولین انفجار یک سلاح هسته‌ای به نام گجت(Gadget) را برای آزمایش ترینیتی(Trinity Test) انجام دادند و کمتر از یک ماه بعد، نیروهای متفقین تسلیحات هسته‌ای را بر روی هیروشیما و ناکازاکی در ژاپن ریختند.

به گزارش بولتن دانشمندان اتمی، اینشتین زمانی که از این حملات هولناک مطلع شد، گفت: وای بر من. اگر می‌دانستم آلمانی‌ها موفق به تولید بمب اتمی نمی‌شوند، هرگز به آن اشاره نمی‌کردم.

به گزارش نیویورک تایمز، زیلارد و یوجین ویگنر فیزیکدان مجارستانی همکارش هر دو موافقت خود را با اینشتین ابراز کردند.

اوپنهایمر نیز مانند اینشتین پشیمان شد
خود اوپنهایمر نیز بعدها ابراز پشیمانی کرد و احساسات ابراز شده توسط اینشتین را تکرار کرد. اوپنهایمر با یادآوری آزمایش ترینیتی نقل کرد که او را به فکر خطی از یک کتاب مقدس هندو انداخته مبنی بر اینکه «اکنون به مرگ تبدیل شده‌ام، ویرانگر دنیاها».

در میان پارانویا و ترسی که بر فضای سیاسی ایالات متحده در دهه ۱۹۵۰ حاکم شده بود، مجوز امنیتی اوپنهایمر نیز با وجود این که او و افرادش سازنده بمب هسته‌ای بودند و اوپنهایمر آنها را رهبری می‌کرد، لغو شد.

اوپنهایمر در طول زندگی خود علاقه شدیدی به علوم انسانی از جمله فلسفه و یادگیری زبان داشت و در نهایت نیز توسط دولت ایالات متحده به دلیل عقاید چپ خود طرد شد، چرا که گفته می‌شد قبل از پروژه منهتن به گروه‌های وابسته به حزب کمونیست ملحق شده است.

رهبری پروژه منهتن توسط اوپنهایمر موضوع فیلم سینمایی جدید کریستوفر نولان کارگردان شهیر آمریکایی است که به یاد این دانشمند، «اوپنهایمر» نام گذاشته شده است و اکران عمومی آن از دو روز پیش(۲۱ ژوئیه) در سینماهای دنیا آغاز شده است.