فراز فاطمی گزینه اول باشگاه استقلال برای نشستن روی نیمکت این تیم تحت عنوان سرپرست محسوب می‌شود. بازیکنی که جدا از حضور در استقلال، سابقه سرپرستی تیم‌های ملی جوانان و امید کشورمان را نیز یدک می‌کشد.

فراز سه فصل در استقلال فوتبال بازی کرد و فصل ۸۰ -۸۱ اگرچه نتوانست با آبی‌پوشان قهرمانی در اولین دوره رقابت‌های لیگ برتر را جشن بگیرد ولی افتخارات خاصی را کسب کرد. فاطمی در آن فصل همراه با استقلال قهرمان جام حذفی شد و با احتساب دیدارهای لیگ برتر و جام حذفی توانست ۱۳ بار دروازه حریفان استقلال را باز کند. او همچنین در رقابت‌های جام باشگاه‌های آسیا که آخرین دوره این مسابقات قبل از لیگ قهرمانان محسوب می‌شد نیز همراه با آبی‌پوشاند عنوان سومی را به دست آورد و در جریان رقابت‌های آن فصل جام باشگاهها (۲۰۰۱ - ۲۰۰۲) پنج گل برای استقلال به ثمر رساند و عنوان بهترین گلزن آن فصل رقابت‌ها را مال خود کرد.

فاطمی در آن فصل رویهم ۱۸ بار برای استقلال پیام آور شادی شد و اردیبهشت سال ۱۳۸۱ نیز کنفدراسیون فوتبال آسیا لقب بازیکن ماه این قاره را به فراز اهدا کرد.