متن پیام محمد خاتمی برای تسلیت آیتالله شبیری زنجانی به شرح زیر است: «روح مطهر مرجع عظیمالشأن و فقید بزرگوار و معلم اخلاق و ادب و فضیلت حضرت آیتالله العظمی حاج آقا موسوی شبیری زنجانی به ملکوت اعلی پیوست و همه اصحاب فضل و فضیلت و بخصوص حوزههای علمیه را داغدار کرد.
من این مصیبت بزرگ را به حضرت ولیالله الاعظم امام مهدی (ع) و به همه عالمان ربانی و فاضلان خیراندیش و به انبوه ارادتمندان و شاگردان آن بزرگ بخصوص به خاندان شریف شبیری و بالاخص به آقازادگان دانشمند و روشنبین ایشان و همه بستگان داغدار تسلیت میگویم و از پیشگاه حضرت حق میخواهم که پاداش پاکی و نیکی و خدمتگزاری آن بزرگوار به آیین و ایران و به معارف اهل بیت علیهم السلام را با علو درجات ایشان عنایت فرماید و خسارت سنگین فقدان ایشان برای اسلام و تشیع و حوزههای علمیه را با لطف ویژه خود جبران فرماید.
پاک زیست و پاک بهدیدار معبود شتافت یادش گرامی و راهش پررهرو باد!»
